名侦探柯南长篇新兰文
Part 1: 真相的爆发
柯南这天晚上，悄悄的下了床。（他干什么去了？）谁也没有想到，他来到了小兰的床边，（啊？？？说了（做了）什么）柯南低着头，嘴里嘟囔着什么。 这时，小兰被他的嘟囔弄醒了，但她没有阻止柯南说梦话，而是听着他说着不可思议的话：
“ 兰 对不起，我骗了你。其实……其实我就是新一，这几个月里一直没告诉你，我被一个黑色组织灌下了毒药，身体缩小了，所以才改名为江户川柯南。你…..怪我吗？…….. 我知道你一直在问我的下落，其实我就在你的身边”在遇到案件的时候，我也只能帮着小五郎叔叔，用变声机帮他破案。……（后面省了一大堆话）
“啊~~~！！！（一大声尖叫） 你不要再说了，不要再说了…..（小兰含着泪说）”为什么，为什么骗我，为什么？……….~~~，小兰一下子瘫在了地上！！！
恩~~！！柯南含着朦胧的睡眼醒了（当然是被小兰的叫声惊醒）看着小兰眼里含着泪，不解的问“小兰姐姐，你怎么了，怎么哭了” “恩？？？？ 怎么回事？？我怎么会在小兰的房间里，我说了什么吗？？？” 柯南心里想，脸上落出了紧张的表情。
“小兰姐，你……你真的没事吧”
“新一，新一（小兰眼里依旧有泪痕）你为什么不坦白告诉我，为什么？你知道吗，我天天等你，一分一秒都在想你，你时时刻刻都在我的身边，难道….难道你不懂我的心情吗？不懂我有多么想你，担心你吗？你好自私，好自私啊？……..（小兰捂着脸哭着）
柯南一下子就楞那儿了，他不知道自己在小兰房里说了这些话，况且让小兰这么伤心。…….
“那个，兰…….我……..我真的不想骗你，只是我的身份一被拆穿，那我们就都活不成了，相信我，我不会害你的！相信我啊，兰……..
“不要再说了，不要再说了。。我再也不会相信任何人了”！！（哭得更厉害了）
兰一把推开了柯南，自己一个人跑了出去，留柯南一个人在房间里，此时的柯南，心里在想什么，他走到了小兰的书桌前，看着桌子上的照片，心中的泪也再次燃起。
仿佛，在月光的照射下，那张照片上的两个人，还笑得那么灿烂，可谁知道，此时的两个人，心中的已不再是笑容，而是痛苦的回忆！！！….
Part 2: 突发的意外
第二天早上，太阳光依旧照着毛利侦探事务所的每一个角落。柯南这一夜没有合眼，兰同样也没有回来，柯南在晚上找了很长时间，他知道，兰可能已经不会再原谅他了。他没有多想。自己背上书包，踏上了上学的路。
“嘿，江户川，你怎么了，无精打采的？”小哀快速的跟上了他的步伐。
“啊！！灰原啊！我…..我没事啊？”柯南还是忧愁的眼神。
“是不是又跟她有关？” “恩？？？恩。。灰原，怎么办？她知道了，怎么办？她真的知道了！好像很生我的气，昨天晚上跑出去一晚上都没回来，我真怕她出危险…..” “江户川，打起精神来吧，不用害怕，她比我们想象的要坚强多了！！” 两人一起走到学校！！
另一边，兰看到柯南走了。自己也回到了事务所，刚一进门，小五郎就问：“兰啊！这么一大早起来干什么去了，还穿着睡衣？” “哦！爸爸，没什么事，晨跑去了！！” 兰故意微笑着。 “哦~~，赶紧换衣服，洗漱，做早饭吧！柯南早就走了，也没吃饭，你也不回来，我都快饿死了！！” “爸爸（说话很紧张）你知道吗？………” “恩？知道什么？”小五郎还是若无其事的问着。 “恩~~没什么” 兰再次的露出了忧伤的眼神，把头低了下去。……
今天的阳光好得不得了，真是让人心情舒畅….可是，就在这么美好的一天里，出事了，是新一心爱的人出事了！！！他将如何解决？？？
学校里~~~步美，元太，光彦三人把小哀拉到一边，步美小声的问：“小哀，今天柯南有点不正常啊？你知道怎么了吗？” 这也难怪步美这么问，柯南现在还趴在桌子上，神情恍惚呢！！！ “你们不要管了，江户川现在有点不舒服，你们就让他好好歇着吧！” 小哀现在也不知如何是好了！
小兰在上学的路上，也是同样的状态。在这么阳光明媚的一天里，两个人同时在为一件事发愁。
小兰心中的悲哀，谁能了解？她此时的感受，谁来与她分担？
忽然，一个人把小兰的嘴一蒙，小兰马上晕了过去，一个黑衣人站在她的后边。两眼放出凶狠的光。说了一句“工藤新一，好好看着吧，看着你最心爱的人是怎么死去的！”哈哈~~~~~ （恐怖的笑声）
Part 3: 不要这样做！！！
Gin把小兰带到了一个仓库里，那里黑的不见五指！…..小兰独自一人在里面躺着，周围的恐惧带给了她一种莫名的悲哀。这时，兰的眉头皱紧了….
放学回家，柯南走进了屋，看见那个死老头（小五郎）还在拿了喝啤酒看电视，又看看周围，兰没有回来。就走进了屋。过了好藏长时间，都不见小兰回来，柯南心里有了种不祥的预感。
他马上跑了出去，也不顾小五郎的训斥！柯南沿着兰上学的一路找去，快到她们校门口时，他看见了兰的手帕。和旁边Gin的一样东西。
难道…..兰被他们抓走了？柯南心里……..
他马上去了阿笠博士家，“博士，怎么办啊？兰被他们抓走了，快帮我查查他们现在的地点，我要去就救兰！！！ “好啦，新一，你不要着急，我就帮你查查！” “接下去要怎么办呢？江户川，一定要把他就回来啊！”
柯南现在想得就是怎样救兰，还有，要不要告诉小五郎叔叔他们。“好啦，新一查到了，他们现在的基地是：……………. 快去吧” “好，博士，谢谢你”
“等等，我也一起去！” “灰原你……” “人多一点也好吧，况且，我找他们还有事儿呢！” 灰原的脸上也显现出了愤怒的表情。 “恩，那好吧”
两人坐着柯南的滑板一起来到了Gin的基地。他们偷偷摸摸的进入了里边，可是都不知道兰被藏在了那个房间。
此时，兰….醒了。 “恩，这是哪里？我怎么会在这儿？”小兰迷糊的想着这一天所发生的一切。“我记得自己在上学的路上走着，后来被一个人弄晕了。啊~~难道我被绑架了？？“兰，兰，你在哪儿啊？”柯南小声的叫着。生怕把Gin给招来。 “谁的声音，好熟悉？” 兰还很迷糊，只感觉全身无力，坐起来的力量也没有了！ “兰，你在哪儿啊？听见回答我。兰！” “是谁？…..是谁？新一吗？真的是新一吗？ 兰大喊起来（虽然没什么劲儿，但也用尽了全身的力量）“新一，新一是你吗？我在这儿啊新一？这儿！！！” “啊！兰，兰你在哪儿啊？后来柯南终于在一个黑暗狭小的屋子里找到了兰。 此刻，在兰同一个屋子的另一间小屋子里，两个人的嘴角，向上扬了扬！露出了一抹微笑~~~
柯南踹开了门，看见兰坐在地上，被绑了起来。柯南心疼的跑了过去，打算给兰解开，兰看见柯南“柯南，我刚才听见新一的声音了！” 柯南低下了头，兰看了，想起了昨天晚上的话，有点气愤地说：“对了，你就是新一，你骗了我！，你起来，我不要你给我解绳子！！” 一直在旁边的灰原说话了“不要再闹脾气了，赶紧走吧，你知道绑架你的是Gin吗？ 他会要了你的命的！！” 兰怔住了。柯南刚要解绳子。这时，那间小屋子的门开了。Gin走了出来。柯南马上挡住了兰，
“呵呵！工藤新一，你终于来了，等你很久了”
无谓的笑容~~~~
在这时，新一与兰的真心出现了。这种心，足以感动一切~~~~
Part 4: 誓不放手
“工藤新一，来得太晚了吧，人家（指兰）都等很久了！”
“Gin你想把兰怎么样？我先告诉你，有我在，你就别想得逞！！”
“哦~~是吗？那我就让你看看，是谁别想让谁得逞！”
Gin一按手中的遥控器，从兰的绳子里出来了两把刀，正顶着兰的喉咙，兰不得不把头仰起来，露出了痛苦的表情。 “兰，兰…..Gin你太可恶了！不准伤害兰，你要的人还不是我，千万不要动兰，我跟你走，你要怎样都行！！”
“怎样都行是吗” “我说话从不反悔，但你要先放了兰！”柯南脸上坚定的意志。 他打算等Gin一放兰，他就用增强脚力的鞋子不Gin打倒。
可是，这个方法真的可以吗？
小哀把兰从地上扶起来，柯南给小哀使了个眼色，小哀马上明白了他的话。只是她又皱了皱眉头。等小哀和兰出了门以后，柯南一个转身准备把球踢向Gin,可是还是失败了，Gin早想到他会来这一招，“砰”一声，朝柯南打了过去。子弹从柯南的胳膊上擦了过去，还好没什么大伤。兰大叫了一声柯南，跑回去救他，柯南躺在地上看着兰，“没关系，兰。只要你没事儿，我就算死也要保护你！”
Gin的手下把柯南拽起来，又把兰和小哀绑了起来，把柯南带到了隔壁的一间屋子里。中间有一扇玻璃，兰和小哀可以清清楚楚的看见里面发生的一切。
兰伤痛欲绝，嘴里嘟囔着：“新一，新一你千万不能有事啊？不能啊……..”此时的兰，已经不再怨恨柯南没有告诉他实情了，心里只有小新一千万不能有事儿啊！！！
Gin把柯南绑在了一个用木头钉成的十字架上。“工藤新一，没想到吧，这么快就被我抓住了，快把解药拿来吧！” “哼~想要解药，我告诉你，我不会给你的。”（其实在part 1之前，柯南就变回过新一了，因解决案件，报纸登出来了，所以才被他们发现） “哦~~好倔强的一个孩子呀，好吧，那让你尝尝什么叫做痛不欲生！” “砰”一发子弹打入柯南的左臂上。“啊~~”一声撕心裂肺的叫声。兰那边马上挪着来到玻璃前，兰看见柯南的胳膊上一直在流血。
“新一，新一……你们不要这样，不要这样对待新一好不好！！”
Gin转过头看着兰，对她说“美丽的小姐啊，只要你劝服你的工藤新一把解药交出来，哼哼，我就绕他不死！” “新一，快给他呀，这样你就不用受罪了，快给他呀，新一！”兰恳求道。 “不行，兰，给了他之后，他又该为非作歹了，我不能看着别人受伤了。” “可是新一，只有这样，他们才肯放过你啊！” 此刻的小兰，又带着哭腔。
新一那边，在笑，笑得让人发毛，下面将会怎么样呢？ 两人的心有没有紧紧地贴在一起，一起的患难，一起的幸福………….
Part 5: 心动时刻
“哈哈…….哈哈哈哈哈！！！！” “喂，工藤，你笑什么？” “呵呵，我笑你太傻了，想想看，你再怎么处置我，你也不会知道解药的来源，有用吗，别白费力气了！！！哈哈” “哼~~~我差点忘了我在绑架你心上人之前说过的话：你不知道吧，大侦探！！！ “什么，你说了什么？” “那你就先好好看着。Gin吩咐了他的手下把兰带了过来。柯南看到兰，大声呼喊着“Gin你想把兰怎么样？”
“大侦探，告诉你。我在绑架她的时候说了：工藤新一，好好看着吧，看着你最心爱的人是怎么死去的！” “啊~~不要” 柯南又一次撕心裂肺的喊了出来@！ “砰” 的又一声，又一颗子弹飞向了兰。“兰~兰，你没事儿吧，GIN你个恶魔，不要伤害我的天使，不要。。。” 柯南再也忍不住了，自己大声又用力的一喊“啊~~~！！！！” 柯南自己征服了绳子。他赶忙跑到兰的身边。把兰抱起来。使劲的摇晃着兰的身体。
可是，兰胸口上的血液还不时的喷涌着。那鲜血和着夕阳的的余晖，是那么的耀眼！！天边的夕阳，滑落下一道金光，天空中的女神，被血染红了~~~！！这景象，是天注定~~~ 还是………
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兰睁开了眼，看着柯南。“新一，新一……我还能陪你到最后吗？我自按在只想跟你说：新一，我原谅你，我……爱你！！~~~ 这时，兰一下子晕了过去。
柯南还是低着头，嘴上也落出了微笑。（当然是那种残酷的微笑）他站起身来，死死的盯着GIN，他也没有见过工藤有过这样的表情！！柯南看见旁边有好几个足球，于是冲向它，一脚向GIN踢了好几个。GIN也在痛苦的叫声中倒下了。可是，这是不是最后的结局？？谁也料想不到！！
柯南马上带着兰来到了医院，兰被送进了抢救室。上边的红灯亮了起来，这红仿佛是新一心中淌着的血。也在此时，新一心里说着“兰，千万不能有事啊，兰……!”
1小时后~~~…… 兰从抢救室中被推了出来。医生庆幸地说“还好，生命是保住了，送来的比较及时。不过，还没有度过危险期。家属要好好的看管！ 只是………你们两个小孩子可以吗？还是叫他的父母来比较好！！！” “恩，我知道了” 柯南总算松了一口气。 当然，这件事儿要必须告诉叔叔和婶婶。柯南拜托了小哀去通知他们。自己在床边守护着兰。
柯南坐到了兰的床边，把兰的手放在了自己的胸膛上。轻声说着“兰，知道吗？当初我在变小变大的时候，就是这里疼的快不行了，还有在这里，总是想你想得无法入睡！！兰，想在你知道了吧，你在我心中是无可替代的！！！” 慢慢的，柯南趴在了兰的病床旁睡着了111~~~。。。。
Part 6: 我们的平常生活
过了一会儿，小五郎和英理火速的来了，小五郎一把揪住了柯南的领子，大声叫着：“柯南你为什么不照顾好兰？你知道他有时会有危险的！！”于是马上跑到兰那边去看他，过了一会，兰醒了，一眼就看见了柯南。嘴里露出了点微笑，说着“新一，新一，对不起，给你添麻烦了！我……谢谢你！” “没事儿的，兰。有我在，他们就别想伤害你！” “什么？你就是那个臭小子！”小五郎惊奇的看着柯南？ “是的叔叔，我就是工藤新一，！” “好你个小子，把我家兰骗得团团转，你还有脸来呀！” 说着，一巴掌就向柯南脸上打去。柯南并没有躲，兰这时也哭着让爸爸别打新一。
柯南只说了一句话：“兰，你让叔叔打吧！我欠你的太多，如果用打能消除叔叔的心头之狠的话，那就让他打吧！！！” “哼哼！！算你小子老实！今天不跟你计较，不过我告诉你，如果你再敢抛弃兰，我就跟你没完！！”
“是，叔叔！” 这回新一终于笑了起来。那么灿烂，那么温柔………
今天兰出院了，大家都十分高兴。当然，最高兴的就数新一了。这一路上，
新一（柯南）蹦蹦跳跳的。一会儿闲工夫都没有。终于到了家。兰把叔叔婶婶都打发出去了，自己一个人和新一在家里。“兰，博士跟灰原马上就能帮我研究出解药了。你等一阵子，我就能恢复了！” “新一，我喜欢你……我这一辈子都要做你美丽的新娘，你不会嫌弃我吧？” 兰带着点诡笑说。 “怎么会呢，喜欢你都来不及呢！是不是！！” 哈哈~~~从他们的房间里传出了他们的笑声，这场战争终于平息了，新一，小兰终于过上了平静的生活。………
每天早上起来，兰依旧为新一，小五郎做早饭，依旧带新一一起去买菜。依旧一起玩儿，一起……
这时，有人敲了事务所的门。兰急急忙忙的去开门。打开门一看 一个皮肤黝黑，戴着一个帽子，后面跟着一个女人。兰惊奇地说：“你是…你是服部？”那个男人摘下帽子，还真是服部。服部打趣的说：“哎呀呀~~听说你受伤了，这个女人还特地跑来看你呢，真是拿他没办法啊！！” 和叶一下子朝兰扑了上去。“兰，你没事儿了呀，太好了呀！………”(后面省了一大堆话)
服部则走向了工藤。“喂，新一。还不给客人倒水！在那儿愣着干嘛？” 兰有点生气地说。“什么？ 工藤，她知道了？” “对啊，都是因为我有一天晚上说梦话了，所以就被他知道真相了！！” “ 反正和叶也不关心这事儿，就好好过你们小两口儿的日子吧！” 服部又有坏心眼了。
“当当当”又有敲门声了！！这次的……..又会是谁呢？？？
【待续】
名侦探柯南完结新兰喜文
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第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
只是有有可能
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
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黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@ <xy
藤新一独自前往营救的暗示。 5}x-i0^z>
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 ,\ &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
另一种：（一）
柯南和灰原哀再次躲过了黑衣组织的追杀，两人在阿笠博士家回想着这些天以来的事情。灰原提出，每次黑衣组织都有机会将他们两个人灭口，可是为什么一次次地让他们想尽种种办法逃掉？柯南已经隐隐的感觉到，整个黑衣组织的幕后黑手已经现身，也许就藏在他们的周围。而就在这时，一起持枪抢劫的案件发生在了米花街，而被劫持的正是毛利兰和他的父亲——昏迷不醒的小五郎。
柯南大惊失色，而目暮警官的手下佐藤和高木也来到了阿笠博士的家中。通过现场传达的消息，绑匪的目的不是钱，更不是什么珠宝，而是让柯南和灰原哀前去交换人质，否则毛利父女的性命不保。
人命关天，柯南和灰原带上了博士新发明的道具，前去交换人质。毛利父女安然无恙，小五郎只是被乙醚弄晕了而已。只是柯南和灰原却与绑匪们不知了去向。
一条秘密的通道里，四个人——两个绑匪和柯南、灰原哀穿梭在其中。一道大门打开，光线照射进了柯南的眼中，他惊奇的发现，此处不是别的什么地方，而正是柯南——工藤新一的家。
第一个绑匪解下了面具，是波本——茱蒂老师一再警告柯南的又一个黑衣组织的成员，而另外一个绑匪也解开了面具，居然是工藤新一的母亲——有希子！
（二）
有希子从柯南和灰原的身上拿掉了博士给予他们的道具，阿笠博士和佐藤、高木、目暮警官等人顿时没有了信号而倍感焦急。波本掏出了毛巾，擦掉了脸上的一层皮。工藤新一的父亲——工藤优作帅气的面容展现在了柯南的眼前。
柯南不敢相信眼前的一切，灰原哀更是目瞪口呆。柯南问他的父亲是不是黑衣组织真正的首领，优作默认，而且说明自己化名为“波本”来到了这里，目的就是为了制定这一次的抢劫事件。柯南并不理解这一切到底是怎么回事。有希子拿出了APTX4869的解药，柯南和灰原哀服下后，重新恢复成为了宫野志保和工藤新一的身材和面容。
优作承认自己的所作所为吓到了柯南，但同时他也向柯南说明了自己这样做的目的：其实在17年前，工藤新一还未出生时，有希子的隐退一直是困扰着他的一个谜团，后来根据有希子的情报，她在一次宴会上偷听到说，美国企图运用一切能够达到的方式来控制整个世界，在亚洲首先就是要征服日本，但是这个目标非常的漫长，又非常的棘手。心直口快的有希子在没有惊动别人的情况下告知了优作，优作凭借着种种便利向日本天皇和首相报告了这一信息。首相据此秘密地下了一道命令，为了抵御美国的侵略，要优作和另外几个人一起帮助首相实行一项计划，这个秘密仅仅只有几个人知道：首相本人、工藤优作，另外的两个人是黑羽盗一和目暮十三。
问题补充：（三）
根据协定，首相负责最隐秘的部分，盗一通过自己的神通广大来窃取一切可以的情报，目暮十三进入警局（他已经是警察，所以很方便），工藤优作则通过自己小说家的身份来行动。四方商定，如果有一方事情败露，则必须消失。而黑羽盗一在一次行动中不慎暴露了身份，被迫自杀，而留下了年幼的儿子黑羽快斗。但快斗一直不知道父亲真实的身份，所以并不知情。
这样，经过十多年的时间，美国方面迟迟没有动静，日本本土看似平静，实则隐藏着危机。工藤优作所发展的黑衣组织也已经基本成形。在他的努力下，有几个人决定终身跟随优作，他们就是琴酒、伏特加、贝尔莫特、宫野明美等人。可是在一个晚上，当优作的黑衣组织在进行定时定点联络交易的时候，却被工藤新一逮了个正着。万般无奈之下，琴酒遵循优作的命令，将组织开发出来的毒药APTX4869给新一服下。优作痛心疾首却也无可奈何，所以为了避免组织出大乱子，便派出智商最高的琴酒和力量最大的伏特加予以跟踪新一。
